H Yumi και o Kyo είναι παιδιά που έχουν επιλεχτεί για να συμμετέχουν σε μια αποστολή άκρως απόρρητη: να είναι οι πιλότοι των πρώτων μονάδων Fafner που αποτελούν την τελευταία ευκαιρία της επιβίωσης για τη ανθρώπινη φυλή στη μάχη εναντίων των Festums.
Τα festums μπορούν να διαβάσουν τα μυαλά των ανθρώπων. Επομένως, οι λεπτομέρειες αυτής της αποστολής κρατιούνται μυστικές ακόμη και από το προσωπικό. Οι νέοι πιλότοι πρέπει να χρησιμοποιήσουν όλο το θάρρος και την πίστη τους προκειμένου να σωθεί η ανθρωπότητα.