Σε ένα πιθανό μέλλον, βρίσκουμε η γη έχει καταστραφεί από αλλεπάλληλες πλημμύρες και σεισμούς, ενώ στα βάθη του Ειρηνικού ωκεανού φαίνεται να υπάρχουν κάποια μυστηριώδη ερείπια γνωστά ως Orphan. Ο στόχος του (καθώς φαίνεται ότι πρόκειται για ζωντανό οργανισμό) είναι να φτάσει στην επιφάνεια της γης και να εγκαταλείψει τον πλανήτη απορροφώντας όλη την ενέργειά του εξαλείφοντας οποιαδήποτε μορφή ζωής.
Οι πράκτορες του Orphan πιλοτάρουν mecha επονομαζόμενα ως Grand Cheres και αποστολή τους είναι η εύρεση μεγάλων δίσκων που εμφανίζονται στην επιφάνεια της γης. Η ιστορία ξεκινά όταν η νεαρή Hime Utsumiya, βρεθεί κοντά σε ένα τέτοιο δίσκο, από τον οποίο γεννιέται ένα Brain Powerd του οποίου γίνεται πιλότος, και ο Yuu Isami, πρώην πράκτορας του Orphan την ακολουθεί με σκοπό τη σωτηρία του πλανήτη.