O Misaki έχει ξαφνικά μερικά απροσδόκητα και περίεργα προβλήματα τα οποία άρχισαν από τότε που άρχισε να παίρνει μαθήματα από τον καλύτερο φίλο του αδερφού του, τον Usami Akihiko, με σκοπό να βελτιώσει τους βαθμούς του και να μπει να περάσει τις εξετάσεις του πανεπιστημίου που έχει βάλει στόχο να περάσει.
Το anime Junjou Romantica εστιάζει σε τρία ζευγάρια που το καθένα ζευγάρι έχει τις δικές του δυσκολίες και προβλήματα. Τα δύο αλλά ζευγάρια παρουσιάζονται ως Junjou Egoist και Junjou Terrorist.