Η ανθρωπότητα οδηγείται στην εξαφάνιση από τις αμείλικτες επιθέσεις των "Nova" τα οποία είναι όντα από άλλη διάσταση.
Ο Kazuya, ένας νέος του οποίου η μεγαλύτερη αδερφή πέθανε πολεμώντας τους Nova, κατατάσσεται στην ειδική ακαδημία Genetics. Σε αυτή την ακαδημία οι μαθητές μαθαίνουν να πολεμούν σε ζευγάρια που αποτελούνται πάντα από μια "Pandora" (πολεμίστρια που κατέχει τις απαραίτητες δυνάμεις να αντισταθεί στους Nova) και από έναν "Limiter" (συμπολεμιστή των "Pandora") που από κοινού προετοιμάζονται για την μάχη ενάντια στους εξωγήινους Nova.
Η Genetics έχει παράδοση στην απόλυτη υπακοή των νεότερων από τις μεγαλύτερες τάξεις. Όμως, υπάρχει ένα άτομο που διαταράσσει την ιεραρχία. Αυτό το άτομο είναι η Satellizer L. Bridgette, η πιο δυνατή από τους δευτεροετείς μαθητές, γνωστή σε όλους ως "ανέγγιχτη βασίλισσα" για την ψυχρή συμπεριφορά της.
Παρόλα αυτά, ο Kazuya μαγνητίζεται από την συμπεριφορά της, καθώς μοιάζει αρκετά με την νεκρή του αδελφή, και αποφασίζει να γίνει ο Limiter της...