Η σειρά είναι παρωδία του Neon Genesis Evangelion, βασίζεται στον εναλλακτικό κόσμο που παρουσιάζεται στο 26ο επεισόδιο του Evangelion και δανείζεται στοιχεία από το Neon Genesis Evangelion: Iron Maiden 2nd (παιχνίδι).
Στο Puchi Eva οι χαρακτήρες του Evangelion είναι απλοί μαθητές γυμνασίου που πηγαίνουν στο ίδιο γυμνάσιο στο Tokyo-3. O Gendo Ikari είναι ο διευθυντής του σχολείου, ενώ η Misato Katsuragi η δασκάλα των παιδιών. Η Rei έχει 3 αδερφές, μια μικρότερη που βασίζεται στην 1η Rei της σειράς και μια μεγαλύτερη βασισμένη στην Rei του Iron Maiden 2nd και τέλος το Unit 01 είναι ο νταής του σχολείου.