Στο όχι και τόσο μακρινό μέλλον, ο Tomoru Shindo κοντεύει να αποφοιτήσει από το πανεπιστήμιο και πρέπει να το αποφασίσει τι θα κάνει στο μέλλον καθώς και να βρει ένα τρόπο να κερδίσει στο νέο τίτλο παιχνιδιού για το Pysch-Sim του.
Ένα βράδυ ωστόσο το όνειρο το παραβιάζεται από μία μυστηριώδη μορφή ζωής πέρα από το ηλιακό μας σύστημα που τον προειδοποιεί για τον επικείμενο κίνδυνο και τον παρακινεί να πολεμήσει.
Στο μεταξύ ο στρατός κατασκευάζει μια στολή με βάση ένα σήμα που λαμβάνει από μια άγνωστη εξωγήινη εκπομπή. Την στιγμή που μία εξωγήινη δύναμη πλησιάζει την γη κυνηγώντας έναν προδότη ονόματι Orgun.