Ο Makoto μαθητής στο Shinanome High προς το τέλος μία όχι και τόσο καθημερινής μέρας, είναι μπλεγμένος σε μια δύσκολη κατάσταση, όταν ξαφνικά ο χρόνος σταματάει για όλους εκτός από αυτόν.
Προσπαθώντας να βρει τι έχει γίνει καταλήγει στα ερείπια που ανακαλύφθηκαν πρόσφατα κάτω από το σχολείο. Εκεί συναντά την Ifrit η οποία του λέει πως τον περίμενε 10000 χρόνια και τον στέλνει στο παράλληλο σύμπαν του El Hazard. Ωστόσο μαζί με τον Makoto στέλνει και τον αυτό αποκαλούμενο αντίπαλο του Jinnai,μαζί με την αδελφή του Nanami και έναν καθηγητή τον κύριο Fujisawa. Έτσι καταλήγουν σε ένα κόσμο μαγείας πάνω στα ερείπια ενός αρχαιότερου πολιτισμού πολύ πιο αναπτυγμένου ο οποίος αυτοκαταστράφηκε, αλλά τα όπλα που χρησιμοποιήθηκαν τότε είναι ακόμα στην διάθεση τον αντιμαχόμενων βασιλείων.
Ο Makoto λόγο της ομοιότητας του με την πριγκίπισσα Fatora που έχει απαχθεί καταλήγει να υποδυθεί τον ρόλο της για να διατηρηθεί η ενότητα της συμμαχίας. Ενώ ο Jinnai στην αυτοκρατορία των Bugrom αποκτά ηγετικό ρόλο.