Η αντιπαράθεση μεταξύ της γήινης συμμαχίας (Naturals) και της Zaft (Coordinators), φτάνει σε αδιέξοδο. Τελικά, οι δύο πλευρές επιλέγουν την τελευταία λύση της διπλωματίας - τον πόλεμο.
Η ιστορία αρχίζει περίπου ένα χρόνο αργότερα. Η Ηλιούπολη, ένας δορυφόρος των πόρων που ανήκει σε ένα ουδέτερο έθνος, δέχεται επίθεση ξαφνικά από μια mobile suit της Zaft. Ο στόχος τους είναι να καταλάβουν τα νεώτερα Gundam mobile suit της ατλαντικής συμμαχίας, τα οποία η συμμαχία έχει παραγάγει σε εκείνο το σημείο με πλήρη μυστικότητα. Η επιδρομή είναι επιτυχής και η Zaft παίρνει υπό την κατοχή της τέσσερα από τα πέντε Gundams.
Ο Kira Yamato, ένας σπουδαστής σε ένα βιομηχανικό κολέγιο και coordinator, έρχεται σε σύγκρουση όταν συναντάει τον παλαιό φίλο του Aslan Zara επίσης coordinator. Ο Kira τραγικά διαπιστώνει ότι ο φίλος του Aslan και οι άλλοι coordinators είναι τώρα οι εχθροί του. Για τη χάρη του πατριωτισμού, ο Aslan αποφασίζει ότι πρέπει να νικήσει τον Kira... και η μάχη των Gundams αρχίζει με πάρα πολλές ανατροπές, και συγκινήσεις.
Ιαπωνική μικροπόπ στο Ίδρυμα Θε...
