Τα άγρια digimon, αφού βρουν διέξοδο από τον digi-κόσμο εισβάλλουν στη γη προκαλώντας καταστροφές. Στο κόσμο των ανθρώπων όπου το παιχνίδι με τις κάρτες digimon είναι ευρέως διαδεδομένο, μια ομάδα παιδιών ξεπερνούν τις διαφωνίες τους κ ενώνονται για να προστατέψουν τον πλανήτη.
Η παρέα λοιπόν του Takato, της Ruki (Ρίκα) και του Li (Χένρι), αποκτώντας το συντροφικό του digimon, ο καθένας με μοναδικό τρόπο πρέπει να μάθουν να συνδυάζουν τις κάρτες του παιχνιδιού με τα digivice τους για να ενισχύσουν τα digimon τους. Αφού βρουν το digimon της γρήγορης εξέλιξης και μεγαλώσουν τα digimon τους, γρήγορα αποκτούν δύναμη και συμμάχους με τους οποίους βάζουν πλώρη για το digi-κόσμο.
Εκεί μαθαίνουν πως ο πραγματικός εχθρός όλων είναι ένα πρόγραμμα κατασκευασμένο από ανθρώπους για να εξαλείψει τα digimon, το οποίο έχει βγει εκτός ελέγχου και τείνει να καταστρέψει και τους δύο κόσμους.