Ο Ichise ως επαγγελματίας πολεμιστής ζει στην μελλοντική πόλη Ryukyusu όπου η βία και το χάος κυριαρχεί. Έχοντας χάσει στον πιο πρόσφατο αγώνα το ένα χέρι και το ένα πόδι του, τον παίρνει υπό την περίθαλψη της μία νεαρή γιατρός όπου και του τα δίνει πίσω ως τεχνικά μέσω της πρόσφατης τεχνολογίας Texhnolyze.
Η περιπέτεια του αρχίζει όταν μία οργάνωση ονόματι Organ που προσπαθεί να ελέγξει την πόλη, τον προσλαμβάνει για να πολεμήσει υπό την αιγίδα τους τις υπόλοιπες που έχουν τον ίδιο σκοπό. Έτσι ένας μεγάλος πόλεμος ξεσπά φέρνοντας το χάος και την καταστροφή παντού, και στα ίδια τα μάτια του Ichise ένα σκοτεινό μέλλον...