Έχουν πλέον περάσει 2 χρόνια απο το Final fantasy 7. Ο πλανήτης προσπαθεί να βρει τους ρυθμούς του και να αναστηλωθεί. Εμπόδιο όμως σε αυτή του την προσπάθεια στέκεται η νέα ασθένεια Geostigma απο την οποία νοσούν πολλοί άνθρωποι, ανάμεσά τους και μικρά παιδιά.
Ο Kadaj, ένας μυστηριώδης άντρας μαζί με τα αδέρφια του προσπαθεί να συγκεντρώσει αυτά τα παιδιά ώστε να επιτύχει τους σατανικούς σκοπούς του. Ο ex-soldier Cloud Strife ζει μια ήσυχη ζωή με την παιδική του φίλη Tifa Lockheart και δυο ορφανά παιδιά, εκ των οποίων το ένα πάσχει από Geostigma, όπως και ο ίδιος ο Cloud. Όλα πλέον εξαρτώνται από αυτόν τον πολεμιστή ο οποίος πρέπει να βρει το κουράγιο και τη δύναμη για να σώσει αυτά τα παιδιά. Αυτό όμως που δεν περίμενε είναι η εμφάνιση του Sephiroth, που επέστρεψε για να καταστρέψει τον πλανήτη και να αποκτήσει την απόλυτη δύναμη. Η σωτηρία του κόσμου είναι πλέον στα χέρια του Cloud και των φίλων του.