Οι άγγελοι πεθάνανε, το Tokyo 3 καταστράφηκε, η Asuka τρελάθηκε, και η ψυχολογική κατάσταση του Sinji είναι κάθε άλλο παρά σταθερή μετά τον θάνατο του Kuaru. Παρά το γεγονός ότι όλα θα έπρεπε να έχουν τελιόσει με τον θάνατο του τελευταίου Αγγέλου, όλα τα μέλει της Nerv διατάχτηκαν να βρίσκονται σε συναγερμό.
Η Seele μετά την προδοσία του Gendo Ikari δεν σκοπεύουν να κάτσουν φρόνιμα, και μαζί αρχίζουν να ενορχηστρώνουν την αποκάλυψη!