Ο Yugi είναι ένα από τους πολλούς ανθρώπους που έχουν μολυνθεί από έναν νέο, παράξενο ιό για τον οποίο δεν υπάρχει θεραπεία. Έτσι αποφασίζει να μπει σε κρυογενετικό ύπνο με την ελπίδα ότι στο μέλλον θα βρεθεί τρόπος καταπολέμησης της ασθένειας.
Όταν θα ξυπνήσει αρκετά χρόνια αργότερα θα αντικρίσει τα συντρίμμια του πολιτισμού όπως τον ήξερε. Ένα νέο είδος πλάσματος έχει κυριαρχήσει πάνω στη γη και απειλεί την ανθρωπότητα με εξαφάνιση. Το πλάσμα αυτό , στο οποίο έχει δοθεί το όνομα BLUE , καταβροχθίζει τα πάντα στο διάβα του χωρίς διακρίσεις.
Ότι έχει απομείνει από την ανθρωπότητα προσπαθεί να επιβιώσει μέσα σε τρομερά αντίξοες συνθήκες. Οι άνθρωποι χρησιμοποιούν εξελιγμένες πολεμικές μηχανές, όμως είναι ένας πόλεμος που σιγά-σιγά τον χάνουν. Ο Yugi θα πρέπει να ξεπεράσει το σοκ και να πολεμήσει όχι μόνο για τη ζωή του, αλλά και την ζωή του ανθρώπινου είδους γενικότερα.