8 χρόνια μετά την βίαιη απογείωση ένος τεράστιου αεροσκάφου (macross) μεγάλης και εξελιγμένης τεχνολογίας στην γη, αφού έχουν χαθεί ψυχές σε πολέμους μεταξύ U.N και Anti-U.N, ακόμα και νεαροί μπαίνουν πια σε προγράμματα εκμάθησης πιλότων σύγχρονων αεροσκάφων.
Ο Shin, ένας νεαρός πιλότος των Ηνωμένων Εθνων αντιμετωπίζει έναν άγνωστο εχθρό στον πόλεμο, και αφού καταρρίπτεται το σκάφος του πάνω από ένα τροπικό νησί, ανακαλύπτει την φυλή ανθρωπων του "αέρα". Εκεί βρίσκει μία πηγή ενέργειας παρόμοια με το τεράστιο σκάφος που έπεσε πριν 8 χρόνια, προσελκύοντας και τις δύο δυνάμεις U.N. και Anti-U.N. να πάρουν στα χέρια τους αυτή την υπερ-εξελιγμένη τεχνολογία.
Το νέο prequel (μηδέν, δηλαδή η αρχή) του Macross.