Σε μία σοβαρή κρίση βρίσκεται η ρομποτική αστυνομία του Tokyo Bay, αφού πολλά ρομπότ αντιμετωπίσουν προβλήματα ελέγχου απο τους διαχειριστές δημιουργώντας ένα χάος καταστροφής χάρις στο αναβαθμισμένο λογισμικό (Babylon Project) που τους εγκατέστησε η υπεύθυνη εταιρια λειτουργικού συστήματος Patlabor.
Ο Goto και Shinobu, θα διερευνήσουν την υπόθεση, και θα προσπαθήσουν να βρούν τον προγραμματιστή του "ελαττωματικού" λειτουργικού συστήματος. Θα τον... βρουν όμως;