Στο έτος 2029, όλος ο κόσμος είναι δικτυωμένος. Δεν υπάρχουν πια διακρίσεις ανάμεσα σε ανθρώπους και cyborg. Την τάξη διατηρούν cyborg που χρησιμοποιούνται ως αστυνομικά όργανα και έχουν την δυνατότητα να "μεταφερθούν" σε διαφορετικά σώματα, αλλά και σε καταστροφικά mecha.
Τώρα, η Kusanagi Motoko, πράκτορας της Section 9, με την βοήθεια του Bateau και των Togusa, Ishikawa και Aramaki Daisuke, πρέπει να βρει εναν hacker γνωστό ως Puppet Master. Δεν ξέρει, όμως, ότι και αυτός βρίσκεται στα ίχνη της...