Ο γνωστός τρελός επιστήμονας Dr. Eggman απαγάγει τον Πρόεδρο και την κόρη του, Sarah. Ο Sonic καλείται να σταματήσει τον Σκοτεινό Eggman και ν' απενεργοποιήσει την γεννήτρια που είναι έτοιμη να καταστρέψει και τους δύο κόσμους, την χώρα της Ελευθερίας και την Eggmanland, τον σκοτεινό κόσμο του Dr. Eggman...
Μια έκπληξη, όμως, περιμένει τον νεαρό σκαντζόχοιρο... Η έκπληξη αυτή είναι ο Μεταλλικός Sonic.