Η πλοκή του Persona 4 εξελίσσεται στην Inaba, μια αγροτική πόλη η οποία διαθέτει το δικό της εμπορικό κέντρο και σχολείο. Εκεί, ανεξιχνίαστες δολοφονίες λαμβάνουν μέρος στις οποίες τα πτώματα των θυμάτων βρίσκονται κρεμασμένα στις κεραίες των τηλεοράσεων. Παράλληλα, μια φήμη αρχίζει να εξαπλώνεται: όποιος αποσυνδέσει την τηλεόραση και την ανοίξει τα βροχερά μεσάνυκτα θα συναντηθεί πρόσωπο με πρόσωπο με το άλλο του μισό.
Ακολουθώντας αυτή την φήμη, μια ομάδα μαθητών λυκείου ανακαλύπτει έναν κόσμο περιτυλιγμένο με πυκνή ομίχλη στον οποίο μπαίνουν μέσω των τηλεοράσεων. Εκεί θα έρθουν σε επαφή με τις σκοτεινές πλευρές του εαυτού τους και αντιμετωπίζοντάς τες, θα αποκτήσουν την ικανότητα να επικαλούνται πλάσματα γνωστά ως personas. Με τις νέες τους υπερφυσικές ικανότητες, θα οργανώσουν μια ερευνητική ομάδα προκειμένου να βρουν στοιχεία που να συνδέουν τους φόνους με την κόσμο που υπάρχει μέσα στην τηλεόραση.