Οι X-men είναι μια ομάδα ηρώων που επέλεξε και συγκέντρωσε ο professor X, με σκοπό την προστασία των ανθρώπων. Με τον θάνατο ενός μέλους της, η ομάδα παρέμεινε στην αδράνεια για έναν ολόκληρο χρόνο.
Μια μέρα, ο professor Χ λαμβάνει ειδοποίηση για μια περίεργη εξαφάνιση ενός μεταλλαγμένου κοριτσιού στην Ιαπωνία και έχοντας την ανησυχία ότι δεν πρόκειται για μια απλή απαγωγή, αλλά για κάτι μεγαλύτερο, στέλνει τους X-men να ερευνήσουν την υπόθεση. Η ομάδα ανακαλύπτει ότι η οι απαγωγείς είναι μια οργάνωση ονόματι U-MEN που μεταφυτεύουν όργανα μεταλλαγμένων στα στρατεύματα τους.