Ο Tetsuro, ένα ορφανό μικρό αγοράκι, αποφασίζει να ταξιδέψει στον πλανήτη Ανδρομέδα για να σκοτώσει τον Κόμη Mecha, παίρνοντας έτσι εκδίκηση για το θάνατο της μητέρας του.
Τυχαίνει, λοιπόν, να κλέψει ένα εισιτήριο του Γαλαξιακού Εξπρές 999 από την Maetel η οποία του θυμίζει την μητέρα του, χωρίς να γνωρίζει ότι είναι η Πριγκίπισσα του Πλανήτη Ανδρομέδα και νυν κόρη της αποθανόντος cyborg βασίλισσας Andromeda.
Έτσι, οι δύο τους ταξιδεύουν σε διαφόρους πλανήτες με το διάσημο Γαλαξιακό Εξπρές 999 για να ολοκληρώσουν τις δικές τους αναζητήσεις.