Το έτος 2005, ο πλανήτης Γη απειλείται από την αφύπνιση μιας εξωγήινης φυλής, των Zonderians, οι οποίοι εκμεταλλεύονται τα πάθη και της αδυναμίες των ανθρώπων και τους μετατρέπουν σε αδίστακτα, σχεδόν άμυαλα μηχανοειδή πλάσματα (Zonders).
Μόνη σωτηρία της γης από αυτή την απειλή αποτελεί η μυστική υπηρεσία GGG (Gutsy Geoid Guard) με το πανίσχυρο mecha GaoGaiGar, τροφοδοτούμενο από την μυστηριώδη G-stone, ενώ ο μόνος που μπορεί να επαναφέρει τα Zonders στην ανθρώπινη τους μορφή, είναι ένα αγόρι με υπερφυσικές δυνάμεις ονόματι Mamoru.