Είναι η συνέχεια της δεύτερης ταινίας Digimon Adventure 02.
Ο Diablomon δεν καταστράφηκε από τον Omegamon (ή αλλιώς και Ominmon). Αναβίωσε, και τρία χρόνια αργότερα προσπαθεί προσπαθεί να εισβάλει στον ανθρώπινο κόσμο μέσο των Kuramon, μικρών πλασμάτων που μοίαζουν με μέδουσες.
O Οmegamon, ο Angemon και η Angewomon μπαίνουν στο Network για να αποτρέψουν τις πράξεις του. Αλλά τελικά τους παγιδεύει και καταφέρνει να μπει στον κόσμο των ανθρώπων όπου εξελίσσεται σε Armagemon, ένα πανίσχυρο τέρας. Ο μόνος που μπορεί να τα βάλει μαζί του είναι ο Imperial Dramon...